El estero es uno de los humedales más importantes de la región, así como un Área de Importancia para la Conservación de las Aves bajo la categoría G1 por servir de hábitat de especies globalmente amenazadas. La abundancia de plantas acuáticas sumergidas y de plantas emergentes, como el tular, el carrizal y el palmar, son fundamentales para aves playeras como la golondrina marina de California (Sterna antillarum browni). Algunas aves endémicas de Baja California Sur con presencia en San José del Cabo son el colibrí de Xantus (Hylocharis xantusii) y la mascarita peninsular (Geothlypis beldingi).
Desde 2009 el sitio aparece en la Lista RAMSAR que cataloga los humedales de importancia estratégica para el planeta. Se tiene registro de 217 especies de aves acuáticas, de las cuales 97 son migratorias y 19 están consideradas en alguna categoría de riesgo. Además, este humedal es la última estación de descanso para las aves acuáticas y playeras que cruzan el mar desde la península de Baja California con rumbo al sur de México, Centroamérica y Sudamérica.
citado por PRO NATURA Noroeste
